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Os princípios alquímicos, bem como os metais, não devem confundir-se com as substâncias que os simbolizam. O alquimista aprendiz, conjugando e ordenando estas energias sutis, experimenta a transmutação que sua Ciência promove, utilizando para isso o Atanor, esse forno ou caldeira onde cozinhará sua obra. O Cosmo todo pode ser observado como um grande Atanor no qual estas forças se inter-relacionam, opondo-se e se conjugando perpetuamente, tal qual o afirma o Corpus Hermeticum. No interior do alquimista (microcosmo) ocorre o mesmo: estes princípios e elementos se combinam entre si produzindo desequilíbrios, combustões, alterações e contradições. Mas o iniciado sabe que no constante desequilíbrio das partes em que aparentemente o Cosmo se divide, radica o equilíbrio do conjunto, a ordem do todo.
Temos de dizer também que o Atanor está construído em quatro níveis sobrepostos, e pode ser considerado como uma reprodução em miniatura do macrocosmo, e igualmente do microcosmo, ou seja, do universo e do homem. Estes quatro níveis se equivalem aos quatro planos ou mundos da Árvore Sefirótica, pelo que seria muito interessante serem feitas as respectivas correspondências entre um e outro. No primeiro nível se encontra o fogo indispensável para a Obra. O segundo e o terceiro, onde se cozem propriamente as substâncias, são verdadeiramente transformadores, e às vezes se os costuma considerar como um só corpo. No quarto nível, as formas e a matéria se volatilizam e existem de uma maneira distinta e transcendente. Os gases, que ocupam a parte superior do Atanor, estão vinculados com o sutil, enquanto a substância da Grande Obra se relaciona com o denso. Este processo de perpétuo refinamento e reciclagem de energias é a chave da Alquimia, que costuma trabalhar a favor do Tempo. A transformação da matéria num modo de realidade diferente é o propósito do sábio alquimista.
Isto, no entanto, é ignorado pelo homem ordinário, que se deixa levar pela corrente da manifestação universal, que vai do sutil ao grosseiro, do único ao múltiplo. Esta corrente, que está destinada a destruir, separar e dividir, é a que impera no mundo profano; mas o adepto avança num sentido inverso: do denso ao etéreo, construindo a ordem a partir do caos, unindo os fragmentos dispersos da multiplicidade da manifestação transitória e aparente e sempre procurando, e finalmente achando, a perfeição que simboliza o ouro, o “elixir da imortalidade” ou a Pedra Filosofal, a realidade única que transcende toda manifestação.